На базі відділення лікуються хворі віком від 3 до 18 років з кардіоревматологічними захворюваннями, патологією нирок та сечових шляхів та захворюваннями системи травлення: вродженими вадами серця, системними захворюваннями сполучної тканини, кардитами, артритами, складними порушеннями ритму серцевої діяльності, артеріальною гіпертензією, гострими та хронічними гломерулонефритами, хронічною нирковою недостатністю, вродженими вадами розвитку нирок та сечових шляхів, гострими та хронічними гастритами, панкреатитами, гепатитами, виразковими хворобами шлунка та дванадцятипалої кишки, функціональними розладами травлення.
На базі відділення проводяться сучасні методи діагностики профільних захворювань: УЗ-діагностика, в тому числі доплерехокардіографія, добове моніторування артеріального тиску, цілодобова реєстрація серцевого ритму за Холтером, доплерографія судин нирок, ендоскопічні обстеження (езофагогастродуоденоскопія, ректороманоскопія, колоноскопія при необхідності з гістологічним дослідженням), сучасні спеціальні рентгенологічні методики (екскреторна урографія, мікційна цистографія, іригографія), широкий спектр загальноклінічних, біохімічних, бактеріологічних та імунологічних досліджень.
Підтримується тісний зв’язок з провідними профільними державними установами. При необхідності хворі зі складними вродженими вадами серця та життєзагрозливими порушеннями серцевого ритму консультуються по телемедицині з провідними спеціалістами науково-практичного Центру дитячої кардіології та кардіохірургії м. Києва.
На базі відділення створено реєстр хворих з хронічною хворобою нирок, який включено до європейської бази даних, реєстр хворих з вродженими вадами серця та ювенільним ідіопатичним артритом.